尼康顯微鏡的配件分為：目鏡、目鏡觀察筒、物鏡、聚光鏡、機械載物臺、調焦系統、物鏡轉盤、LED光源、相機端口、攝像頭、滑塊及各種附件等。其中目鏡與物鏡的安裝非常重要：

　　1、尼康顯微鏡目鏡的安裝
　　目鏡的安裝過程并不復雜，只是在操作中需注意不要劃傷或磨損鏡片。先取下目鏡筒上的防塵蓋，然后把選擇的目鏡從目鏡筒上端插入。如果要更換不同的目鏡，那么依照上面的操作，更換目鏡筒中目鏡即可。安裝好目鏡后要注意檢查目鏡和目鏡筒支承面的重合度。
　　2、尼康顯微鏡物鏡的安裝
　　多數的顯微鏡，物鏡安裝都是在物鏡轉換器上。安裝過程中同樣要注意輕拿輕放，以免劃傷和磨損物鏡。
　　首先轉動粗動手輪，升高載物臺。這里要在載物臺升高時觀察它和物鏡轉換器之間的距離，保持間距足夠大。
　　然后把物鏡按照一定次序旋入物鏡轉換器的螺孔中。一般情況下物鏡順序按低倍、中倍、高倍順序，不可隨意調換次序。此時需注意，不要松手以免物鏡跌落。
　　旋轉螺紋，上緊物鏡，注意保持物鏡的松緊適中。
　　后轉動轉換器，把物鏡轉到合適位置，直到聽到輕微的“咔嚓”聲，這表示轉換器已固定吻合，可以工作了。
　　尼康顯微鏡目鏡和物鏡的安裝過程基本就這樣。因為尼康顯微鏡是精密光學儀器，所以全程都要小心謹慎，不要磨損鏡片。在操作時也要注意細節，例如不可扳著物鏡推動轉換器，以免順壞螺紋。只有按照規定規程操作，才能有效的保護好顯微鏡。