尼康生物顯微鏡具有卓越光學性能，合理人機學設計的正置顯微鏡。E100采用了尼康獨有的CFI無限遠光學系統，并對色差和場曲進行校正，工作距離更長，數值孔徑更高。新的BE平場消色差系列物鏡專為E100設計，確保在各個放大倍數下得到清晰明亮的圖像。

    尼康生物顯微鏡配置了卓越的尼康CFI60光學系統而設計的Eclipse 80I提供極佳的高信噪比影像，得到的熒光影像能顯示出淋漓盡致的信息。尼康生物顯微鏡擁有現代化一系列高級功能的設計，采用尼康獨有的“復眼照明”技術，VC平場復消色差物鏡及應用于高端數字成像顯微鏡系統的智能電動數字成像頭。尼康生物顯微鏡定位的載物臺手柄，新機制的載物臺手柄在載物臺X/Y大范圍移動時都保持在一個固定的靠近調焦旋鈕的位置。操作者的手可以舒服地停留在桌面的同一位置。同時載物臺的高度和松緊度都是可調的。尼康生物顯微鏡采用了新的人機工程學目鏡筒可在 10° - 30°自由傾斜，且鏡筒的伸縮幅度可達40mm。不論使用者的體形如何或顯微鏡安裝了中間模塊，都可以保證操作者佳的觀察方位和舒適的觀察姿勢。 同時C接口數碼相機可以通過一個0.7×的DSC接口安裝在人機工程學物鏡筒上。

    尼康生物顯微鏡配置了眼點提升器可將觀察點位置每次提高25mm(大100mm)，可旋轉的載物臺使圖像可存儲于各種角度及改善構圖。旋轉與光軸方向敏感的樣本，如DIC，可以更好的改進圖像對比度和細節，在后端口配置有一個0.8×-2.0×光學變倍機構可使圖像縮放到所需要的倍數。與數碼變倍不同，光學變倍能讓相機的解析度和光學分辨率相匹配，輕松得到清晰流暢的圖像。尼康生物顯微鏡同時配置了兩個輸出端口可同時安裝多種成像設備。前端口使用的鏡頭少，適合用在共聚焦和定量測量上。尼康生物顯微鏡采用了尼康顯微鏡CFI60無限遠光學物鏡齊焦距離為60mm，使得工作距離更長，NA值高，同時能產生清晰明亮的高對比度的圖像，同時配置了一個可容納各種中間模塊的靈活的升級空間。

    尼康生物顯微鏡堅硬牢固的結構更好的保證高精準地對焦，更好的應用了電腦輔助設計，顯著的增強了載物臺Z向運動及支持臂部分的穩定性。極大地增強了其穩定性，使得在高放大倍數觀察下不想要的圖像模糊和漂移減到少，提供佳的影像效果。尼康生物顯微鏡熒光成像中極佳的信噪比和對比度，采用了尼康獨一無二的高信噪比熒光系統由數字成像頭和通用的落射熒光照明組成。同時配置了雜光消除器可以消除濾光塊內雜散光，信噪比提升了五倍，增加熒光顯微術圖像對比度，更進一步地擴展探測水平的限度。尼康生物顯微鏡更好的使得在普通觀察或多重熒光樣本成像時，操作者能更方便地在不改變濾光塊得情況下，進一步加強特定波長激發光。通過在光路中調節激發平衡片的滑動距離，更好的使得觀察各個通道的熒光強度得到平衡。