尼康顯微鏡是由于刀和標本之間發生高頻率的展顫，尼康顯微鏡以致在切片上產生與刀刃平行的波紋.這是一種常見的故障.如果標本塊硬度不適〔常常是過軟);組織塊兩相對夾角過小;包埋塊在樣品夾上伸出太長;切速太高或刀鈍等都會產生頗痕。
尼康顯微鏡刀痕:它是與刀刃垂直的劃痕。這是由于刀口不整或標本中夾有硬顆粒所致。切片的刀痕處在電子束的轟擊下可以撕裂.排除的方法是更換新刀或修除異物。
尼康顯微鏡切片厚薄不均或空切:原因是刀刃各部位稅利程度不一或包埋劑混合不均，向組織塊滲透不好、引起不規則的聚合、顯微鏡造成標本硬度不一致。顯微鏡若切片時有震動，也會產生厚薄不均的果這類情況嚴重便可以出現空切。
用電子顯微鏡觀察超薄切片時，要具有一定的反差，才能得到清晰的圖像。雖然用0sq固定組織時已起到一定的電子染色作用，顯微鏡但在高分辨能力的電鏡下觀察時，要求切片要薄，還需進一步補充染色，增加反差，顯微鏡一般用重金屬鹽染色。顯微鏡因它能與一定的細胞結構結合，尼康顯微鏡且重金屬的原子對電子具有較強的散射能力，呈暗像，反之則成明像，因而顯出明、暗的反差，顯微鏡可使圖像十分清晰.這樣的染色叫正染。用于超薄切片染色的重金屬鹽有鈾鹽和鉛鹽。
尼康顯微鏡分雙目與三目，可以替代奧林巴斯CX23生物顯微鏡，不過尼康這個只是鹵素燈的，CX23現在是LED光源。
尼康CI-L和CI-S研究級生物顯微鏡可替代奧林巴斯BX43研究級生物顯微鏡，看配置不同價格也有所不同，但因為尼康的產品質量會更好一些，此款功能也會多些，因此價格會比BX43顯微鏡微貴些，但成像效果肯定是比奧林巴斯來的更好。
尼康NI-U NI系列研究級生物顯微鏡可以替代奧林巴斯BX53顯微鏡和 BX63顯微鏡，功能比較多，可以做各種升級（熒光、相差、數碼成像、暗場、半自動等）。