決定尼康顯微鏡性能的主要因素是顯微鏡的分辨率，也叫分辨本領或解像力。但是放大率、清晰度等物理量與尼康顯微鏡的分辨本領有著密切關系。
尼康顯微鏡是復雜的共軸光學系統。這個系統由光源、孔徑光欄、聚光鏡和物鏡等主要成像要素所構成。目鏡只不過是把物像直接放大并投影到屏幕(包括人類視網膜)上的光學部件而已.光源可能是非相干光源如日光、燈光，也可能是相干光源如點光源。
尼康顯微鏡成像光路中的關鍵性成像部件是物鏡。從光源到物鏡前透鏡之間的無數個平面，在物鏡的后方均有其相對應的共扼平面。但是根據阿貝理論，顯微鏡里的物平面O與之相對應的共扼平面即像平面O‘和光源I.平面與之相對應的共扼I,‘平面，是成像系統中重要的兩對平面。
在顯微鏡中孔徑光欄所限定的入射光束的張角范圍內，經過聚光鏡直接變成照射標本的照明光源?？讖焦鈾谄矫嫔系墓庠谖镧R后焦面或在其附近成像。首先孔徑光欄限定成像光束所必需的入射角.這就意味著顯微鏡下觀察物體的適宜的亮度由此決定。其次來自標本的立體結構的不同平面上的成像光線也由此來決定?？傊?strong>尼康顯微鏡中的物像的適度反襯度和物像輪廓的清晰度由此來決定。
影響尼康顯微鏡圖像清晰度可以設法校正一種像差是像散。和透射電鏡中一樣，掃描電鏡鏡筒的下部也裝有一個消像散器。應該認真調節消像器才能保證得到好的圖像。如果像散量過大，消像散器的校正場已不足補償其缺陷，就必須盡快清洗電鏡的光路區，常用尼康顯微鏡型號景深有多大尤其是本透鏡和末光闌部分。