奧林巴斯顯微鏡的分類首先按兩大類來分，分為奧林巴斯生物顯微鏡和奧林巴斯工業顯微鏡。
其中奧林巴斯生物顯微鏡又可以粗列分為正置顯微鏡，倒置顯微鏡和體視顯微鏡。
一.正置顯微鏡
1.奧林巴斯CX22教學顯微鏡，高成像質量、大視野范圍、更舒適易用，是教學領域及常規應用的理想選擇。
2.奧林巴斯CX31顯微鏡：用于教學用途和常規應用的顯微鏡，結合UIS2光學系統提供明亮平坦的高對比圖像，能輕松連接數碼相機。
3.奧林巴斯CX41顯微鏡：適合于大多數常規應用的顯微鏡，結合先進的UIS2光學系統，通過安裝簡單的附件即可進行普通明場、相差、熒光等觀察，能輕松連接數碼相機。
4.奧林巴斯BX43生物顯微鏡：是一款研究級顯微鏡，提供良好的性價比，廣泛地滿足實驗室和臨床工作方面的各種要求，同時可以通過配置多種附件實現系統的擴展，以及適應各種工作的要求。
5.奧林巴斯BX53全能顯微鏡：配備的新的內置復眼照明透鏡的反射光照明器和新型帶特殊鍍膜鏡組能夠幫助初學者獲得良好的熒光圖像，同時具有極佳的圖像質量。
6.奧林巴斯人機工程學顯微鏡BX46：人機工程學原理設計的大量閱片專用顯微鏡，低位設計載物臺調節使操作更為舒適、便捷。
7.奧林巴斯BX63研究級電動萬能顯微鏡：全部操作可通過電腦及軟件進行控制，也可通過控制面板或者手動操作。